很多龟友都认为养巴西龟的水应该是越干净越好。其实不是那样。自然界的水中有些细菌是正常的。其中有些细菌是对巴西龟有益的。自然界的龟，因为其体内的细菌保持平衡而得以维持健康状态。
如果人工饲养情况下，龟体内没有了有益菌或平衡被打破，则会导致龟生病或营养不良。因此，在饲养过程中，如果容器中有过滤器则不必每天换水，通常每半月更换1/2或1/3的水，再增加新鲜水即可。但如果巴西龟在缸中饲养同时在同一个缸中吃食，吃剩的食物很难清理干净或者会污染水质的话则应酌情增加换水次数。也可以每天换1/3的水。
如果没有过滤器，则应视水的干净程度而定。如果要全部更换水，则最好将自来水沉一、两天以达到除氯的效果。彻底换水一般在夏季每10~15天换水1次。若水色为褐绿色或蓝绿色，表明水质过“肥”，应及时全部换水。6~9月，因温度较高，换水宜在喂食后3~4小时进行。冬季，龟冬眠期可少换水或不换水。
